В городе Елабуга,Вятской губернии,в семье древнего купца Ивана Васильевича Шишкина,13 января 1832 года родился сын,названым Иваном.Учеником 1-ой казанской гимназии был определён в двенадцать лет,доучившись до 5-го класса,оставивши гимназию он поступил в Московское училище живописи,вязания и зодчества(1852-1856).В 1857 году окончив курсы,продолжал свое образование в Петербуржской Академии Художеств(1856-1865),учеником профессора С.М.Воробьева.Учась в Академии,заодно усердно писал этюды с натуры и рисовал в окресностях Санкт-Петербурга и на острове Валааме,приобретая этим мастерство владения карандашом и кистью,и больше знакомства с формами,передавая их на бумаге и холстах.За классный рисунок и за вид в окресностях Санкт-Петербурга,в первый год обучения,получил две малые серебряные медали.Большую серебряную медаль за вид на Валааме получил в 1858 году.За пейзаж из окресностей Санкт-Петербурга в 1859 году получил малую золотую медаль,и большую золотую медаль в 1860-м году за два вида местности Кукко на Валааме.
С последней наградой он получил право,в качестве пенсионера академии,и в 1861 году Шишкин отправился в Мюнхен,где посещал мастерские знаменитых художников,и мастерские Бенно и Франца Адамов,пользовавшихся большой популярностью анималистов.В 1863 году переехал в Цюрих,и под руководством профессора Коллера(в то время одним из лучших изобразителей животных),срисовывал и писал их с натуры.В Цюрихе впервые попробовал гравировать "царской водкой".
С целью познакомится с работами Диде Калама поехал в экскурсию в Женеву,затем переехал в Дюссельдорф,и по заказу Н.Быкова написал картину "Вид в окресностях Дюссельдорфа",и после пересылки ее в Санкт-Петербург,Шишкин получил звание академика.
Помимо живописи,находясь за границей он занимался рисунками пером;некоторые работы были помещены в Дюссельдорфском музее рядом с рисунками первокласных мастеров на удивление иностранцев.
В 1866 году затосковав по отечеству он вернулся в Санкт-Петербург до срока своего пенсионерства.В дальнейшем Шишкин нередко путешествовал по России с художественной целью.Почти ежегодно,выставлял свои произведения сначала в академии,а когда учредилось Товарищество передвижных выставок,представлял рисунки пером.В Санкт-Петербурге,примкнув к кружку аквафористов,снова начал гравировать "царской водкой",не бросая это до конца своей жизни.
В деревне Выра(ныне-Гатчинский район Ленинградской области)имел свою усадьбу.Когда Академия приобрела картину "Лесная глушь",мастерски выполненную художником,возвела Шишкина в звание профессора.
В 1892 году,когда вступил в действие новый устав академии,он стал руководить её учебной пейзажной мастерской,но эту должность он занимал недолго по разным обстоятельствам
В Петербурге 8(20)марта 1890 года,работая над новой картиной,сидя за мольбертом,Иван Иванович Шишкин скоропостижно скончался...